过着无精打采日子的平凡大学生的私，一边被在“捉迷藏社团”中遇到的冷酷且聪明的前辈所吸引，一边与瞬间掌握人心的神秘男子黑服实现命运般的相遇。无聊的日子一变，被卷入了名为“真夜中乙女战争”的东京破坏计画中

时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。